Оказывать стационарную помощь больница начала в 1866 году в бывшей усадьбе Баташева после переустройства, проведённого архитектором А.А. Мейнгардом. Превращением дворца в лечебное учреждение занимался главный врач Н.А. Берензон. Под его началом Яузская больница стала выдающейся московской клиникой. Другой главный врач – Федор Иванович Березкин – продолжил дело Н.А. Берензона и со временем обеспечил больницу самыми передовыми операционными, которые предоставляли для приезжавших в Москву западных медицинских светил. По его инициативе в 1910-1913 годах помимо операционных была выстроена поликлиника, реконструировано патологоанатомич
С начала 30-х годов XX века больница стала базой хирургической и терапевтической клиник медицинских институтов, здесь работали такие известные профессора-медик